Ну, вообще-то разработчики неоднократно подчеркивали, что поощряют пиратство во всех его видах. И да, я тоже не понимаю, зачем заморачиваться с постройкой своего кора, если десант рулит. Разве что посмотрев на твой кор с визора и увидев, что на борту не один перс, пираты нападать не рискнут.
В идеале, даже если летишь с командой, капитан обязан управлять все оборудованием с мостика.