Штрафы/бонусы имеют только рули, двигатели, визоры и навигаторы. Щиты, пушки, лучеметы, реакторы и гоблины их не имеют. И так было всегда. Не нужно ничего придумывать.
Двигатели, рули, сканеры и визоры имеют штрафы/бонусы не в своем слое (двигатели и рули по энергопотреблению, сканеры по затратам эманаций, визоры по откату умений).